W Mazowieckiej Jednostce Wdrażania Programów Unijnych prowadzone są, w szczególności, następujące ewidencje, rejestry i archiwa:
- rejestr wydawanych upoważnień i pełnomocnictw
 
- rejestr skarg i wniosków
 
- archiwum zakładowe
 
- rejestr zarządzeń Dyrektora MJWPU
 
- rejestr aktów prawnych dotyczących zakresu działania Jednostki
 
Udostępnianie i korzystanie z akt w archiwum
- Materiały archiwalne i dokumentacja niearchiwalna udostępniana jest w  celach służbowych pracownikom Jednostki, na żądanie organom kontrolnym  oraz w celach naukowo – badawczych. Udostępniane są całe teczki akt, a  nie pojedyncze dokumenty wyjmowane z teczek.
 
- Udostępnianie akt do celów służbowych odbywa się na podstawie karty  udostępniania akt wypełnionej przez osobę wypożyczającą akta, podpisaną  przez kierownika komórki organizacyjnej z której akta pochodzą oraz  wpisu osoby wypożyczającej akta do ewidencji udostępniania i  wypożyczania akt.
 
- Udostepnianie akt do celów naukowo – badawczych odbywa się na  zasadach określonych w ustawie z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym  zasobie archiwalnym i archiwach (Dz. U. z 2006 r. Nr 97, poz. 673. ze  zm.).
 
- Korzystanie z archiwum odbywa się w lokalu archiwum lub na terenie  MJWPU. 
 
- Korzystający z zasobów ponoszą pełną odpowiedzialność za całość udostępnionych im akt i ich zwrot w wyznaczonym terminie.
 
- Odbiór udostępnionych akt potwierdza pracownik prowadzący archiwum w  ewidencji udostępniania i wypożyczania akt w obecności osoby  zwracającej akta.
 
- Wystąpienie o udostępnienie akt znajdujących się w zasobach archiwum  Urzędu Marszałkowskiego Województwa Mazowieckiego następuje na pisemny  wniosek komórki organizacyjnej, podpisany przez jej Kierownika i po  uzyskaniu akceptacji Dyrektora MJWPU.
 
- W przypadku utraty materiałów archiwalnych przez wypożyczającego,  Dyrektor MJWPU zobowiązany jest powiadomić właściwy organ ścigania.