Mazowiecka Jednostka Wdrażania Programów Unijnych (MJWPU) w Warszawie działa od 1 lipca 2007 roku. Powstała na podstawie Uchwały Sejmiku Województwa Mazowieckiego Nr 47/07 z dnia 19 marca 2007 r. Jednostka uczestniczy w realizacji zadań, które wynikają z pełnienia przez Zarząd Województwa Mazowieckiego roli Instytucji Zarządzającej dla Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Mazowieckiego na lata 2007-2013 i Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Mazowieckiego na lata 2014-2020, oraz z pełnienia przez Samorząd Województwa Mazowieckiego roli Instytucji Pośredniczącej dla komponentu regionalnego Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki.